От февруари 1870 г. до май 1953 г. Българската православна църква просъществува като Екзархия. Предстоятели на Българската екзархия са били трима висши духовници, трима титани на своето време, чиито живот и съдба са доста превратни. Един от тях е последният български екзарх Стефан, който се задържа на престола четири години, след което е свален и интерниран от комунистическото правителство. Мирското му име е Стоян Попгеоргиев Шоков. Той е роден на 7 септември 1878 г. в родопското село Широка лъка и е третият син от осемте деца на поп Георги К. Шоков и презвитера Шина Хаджистоянова.
През 1893 г. баща му го изпраща да учи в Самоковското богословско училище. След завършването му Стоян Шоков учителства няколко години. По препоръка на Брегалнишкия епископ Антим (по-късно Търновски митрополит) следва в Киевската духовна академия. През 1904 г. Стоян завършва академията с научната степен "кандидат на богословието" за дисертацията си "Преглед на отношенията между Българската и Римокатолическата църкви от времето на покръстването на българите до учредяване на Екзархията 864-1870".
През есента на 1907 г. се озовава в Цариград, където става учител в българската духовна семинария "Св. Иван Рилски". Екзарх Йосиф I бързо оценява неговите качества и го привлича за екзархийски секретар, а на 15 октомври 1910 г. го посвещава в монашество под името Стефан. На следващия ден го ръкополага за йеродякон, а на 1 ноември той приема йеромонашески чин, като заема длъжността екзархийски протосингел. На 25 септември 1911 г. го удостояват с архимандритско достойнство. Така от 1910 г. започва неуморната служба и дейност на духовника Стефан в Българската екзархия.
"Бях дясната ръка на Негово Блаженство екзарх Йосиф I припомня си бъдещият църковен глава. Той особено много ме обичаше за моята славянска идея и привързаност, като много ценеше моето общение с руското посолство в Цариград".
Архимандрит Стефан е свидетел на двете Балкански войни и на първата национална катастрофа, която довежда до загубване на екзархийския диоцез в Македония. В края на ноември 1913 г. той се прибира заедно с екзарх Йосиф I в София и продължава да изпълнява протосингелската си длъжност. След смъртта на екзарх Йосиф I архимандрит Стефан специализира в Женева, където слуша лекции в Богословския факултет, а във Фрибург по литература, и защитава докторат. Темата на дисертацията му е "За богомилите и презвитер Козма". Докато учи в Швейцария, бушува Първата световна война. Дълбоко убеденият русофил става и англофил, като нелегално сътрудничи на френския Генерален щаб. Той е един от учредителите на "Българския съюз" в Швейцария, който си поставя за цел да защитава българските интереси в чужбина.
В България архимандрит Стефан развива активна обществено-църковна дейност и израства в църковната йерархия. През 1921 г. е хиротонисан за Маркианополски епископ, а година по-късно е избран и за Софийски митрополит. В качеството си на софийски архиерей Стефан е натоварен от Св. Синод да поддържа връзките на нашата Църква с всемирното движение на църквите. През бурните години на Втората световна война, въпреки че е в близък контакт с двореца и правителството, владиката не споделя тяхната про-германска ориентация и е убеден миротворец. Усърден и темпераментен проповедник, под неговото перо излизат стотици проповеди, беседи и статии, публикувани в различни български и чуждестранни периодични издания. Той има важен принос за спасяването на българските евреи.
Политическата промяна на 9 септември 1944 г. е използвана от някои митрополити за уреждане на разстроените църковни дела. Най-деен е Софийският митрополит Стефан, който в изявления по радио "София" и в послание към руския народ изтъква, че хитлеризмът е враг на цялото славянство, но ще бъде сломен от Русия и нейните съюзници САЩ и Англия. Отечествено-фронтовското правителство с готовност се притича да помогне на Църквата. На 16 октомври 1944 г. Св. Синод приема оставката на Видинския митрополит Неофит и за нов наместник-председател е избран Софийският митрополит Стефан (разбира се, по внушение на правителството).
Два дни по-късно на заседание Св. Синод решава да замоли българското правителство да даде съгласието си за провеждането на избор за екзарх. Такова веднага е дадено, като същевременно са направени изменения в Екзархийския устав с цел по-широкото участие на клира и народа в избора на екзарха. Тези изменения са утвърдени като Наредба-закон и публикувани в "Държавен вестник".
Веднага след това Св. Синод излиза с Окръжно № 52 от 4 януари 1945 г., с което определя датата на екзархийския избор на 21 януари, а събранията по епархии се провеждат на 14 януари. На тях се избират по 7 представители (3 клирици и 4 миряни) от епархия, които трябвало да пристигнат в София за избирането на екзарха. Екзархийският избирателен събор се провежда на 21 януари 1945 г. в старинния храм "Св. София". Присъстват 90 избиратели с редовни пълномощия, които избират екзарх измежду трима кандидати: Софийски Стефан, Видински Неофит и Доростоло-Червенски Михаил. Най-много гласове (84) получава Софийският митрополит Стефан и с това е избран за трети пореден и последен Български екзарх.
Друг изключително важен за разрешаване църковен въпрос бил вдигането на схизмата, която цели 73 години тегнела като дамоклев меч над Българската православна църква. Още през октомври 1944 г. Софийският митрополит Стефан в качеството си на наместник-председател на Св. Синод отправя съболезнователно писмо до руския Св. Синод по повод смъртта на Московския и Всерусийски патриарх Сергий. В това писмо е отправена и сърдечна молба за ходатайство и съдействие по премахване на схизмата.
Св. Синод на Руската православна църква отговаря официално на 22 ноември 1944 г., като обещава пълно съдействие пред Цариградската патриаршия. В деня на своя избор екзарх Стефан отправя и писмо до Константинополския патриарх Вениамин с цел "да се вдигне произнесеното поради известните причини осъждане на Българската православна църква" и съответно тя да се признае "за автокефална и да се причисли към автокефалните православни църкви". По-нататък в писмото се съобщава, че седалището на Българската екзархия е преместено от Цариград в София и по решение на Св. Синод се изпращат митрополитите Борис Неврокопски и Софроний Търновски, които заедно с Величкия епископ Андрей "са упълномощени във всичко ... за да водят необходимите преговори и да подпишат надлежните документи".
Делегатите на Българската екзархия се срещат в Цариград с Константинополския патриарх и преговарят с комисия на Патриаршията (митрополитите Халкидонски Максим, Сардийски Герман и Лаодикийски Доротей) по условията за вдигане на схизмата. На 19 февруари 1945 г. е подписан "Протокол за вдигането на съществуващата от години аномалия в тялото на св. Православна църква...", а на 22 февруари с. г. е издаден специален "Томос" от Цариградската патриаршия, в който се казва:" Ние благославяме автокефалното устройство и управление на св. Църква в България, като определяме тя, наричана "Св. Православна Автокефална Българска Църква" и бидейки отсега нататък призната наша духовна сестра, да управлява и урежда своите работи независимо и автокефално според реда и суверенните права..."
Томосът е записан в Кондиката на Цариградска патриаршия, а негов художествено изработен препис е изпратен на екзарх Стефан. Вдигането на схизмата е акт с международно и вътрешнополитическо значение. Във външнополитически план с него се затваря вратата към извънграничните екзархийски епархии, слага се край на възможностите да се използва Екзархията като институция за обединяване на всички православни българи в границите на една химерна Санстефанска България.
Изборът на екзарх и вдигането на схизмата става за броени дни под твърдата диктовка на СССР, в чиято зона на влияние попада България в края на Втората световна война. Така през февруари 1945 г. диоцезът на Българската православна църква е свит само в държавните граници, но тя пък получава пълна автокефалност и тясно се обвързва с Руската православна църква, за да може заедно с нея и с останалите православни църкви от страните с "народна демокрация" да участва в единен блок за защита на вярващото население от вредното влияние на "империалистически" религиозни общности и църкви.
През лятото на 1948 г. се задълбочава конфликтът между екзарх Стефан и някои членове на правителството. Екзархът доблестно защитава интересите на Българската православна църква и не се поддава нито на ласкателства и обещания, нито на заплахи. На 6 септември 1948 г. той е принуден да си подаде оставката. В негово отсъствие Св. Синод я разглежда и я приема единодушно, обявявайки го за "бивш екзарх Български и митрополит Софийски". Синодът препоръчва още на държавните органи да го отдалечат от епархията му.
На 24 ноември 1948 г. под милиционерски конвой "бившият" екзарх е откаран в с. Баня, Карловско, като му се забранява да напуска селото, да се занимава с църковна дейност и да извършва богослужение. Така, насилствено отстранен от митрополитската си катедра и полагаемия му се екзархийски трон, Негово Блаженство живее в изолация и забрава до 14 май 1957 г., когато почива. Върху гроба му в Бачковския манастир е поставен скромен мраморен кръст, който напомня за последния български екзарх, един все още недооценен бележит църковен йерарх. И днес неговите съвети звучат актуално: "Време е не на думи, а на дело да се обяви война на войната и понятието демокрация да не бъде фирма и етикет, а жива и творческа действителност, в която истината, правдата, мирът и любовта да ръководят и украсяват личния и обществен, народен и международен живот."