Последвалите две войни - Балканската и Междусъюзническата, довели България до първата национална катастрофа. След сключването на Букурещкия мир от юли 1913 г. се стигнало до пълното загубване на екзархийското ведомство в пределите на тогавашна Европейска Турция. Няколко екзархийски епархии - Охридска, Битолска, Велешка, Дебърска и Скопска - минали под ведомството на Сръбската православна църква, а Солунската - към диоцеза на Атинската архиепископия. Митрополитите на първите пет македонски епархии били изгонени от сърбите, а управляващият Солунската епархия архимандрит Евлогий бил удавен в морето от гърците (юли 1913 г.). Под екзархийската църковна власт останала само Маронийската епархия в Западна Тракия (с главен център Гюмюрджина). БПЦ загубила и южнодобруджанските си енории, които минали под ведомството на Румънската православна църква. Както в сръбска и гръцка Македония, така и в румънска Южна Добруджа, българските училища били затворени, а екзархийските свещеници и учители прогонени. Съответно българското население било подложено на жестока асимилация.
След Междусъюзническата война екзарх Йосиф останал с много малко пасоми, и то само в Турция (главно в Цариград, Одрин и Лозенград). Затова като глава на Българската църква решил да премести седалището наекзархията в София.
Той уредил в Цариград т. нар. Екзархийско заместничество, управлявано до закриването му през 1945 г. от български архиереи (първи бил Велешкият митрополит Мелетий). Задачата на това заместничество била да продължи да се грижи за духовното и физическото оцеляване на българите християни в пределите на Османската империя (по-късно Република Турция). „Тайната” мисията на това екзархийско заместничество била да изпълнява ролята на бъдещ оперативен щаб, който при благоприятни обстоятелства трябвало да възобнови отново църковната организация сред българите в Македония и Одринска Тракия.
Екзарх Йосиф прекарал в София малко повече от година и половина, боледувайки често, но както винаги полагалусилия за подобрение на църковното ведомство. След неговата смърт - на 20 юни 1915 г. - нов екзарх като глава на Българската църква не бил избран и в продължение на цели 30 години Църквата се управлява от наместник-председатели на Св. Синод.
Екзарх Йосиф починал в една твърде усложнена политическа обстановка - вече близо година бушувалаПървата световна война, като България предвидливо пазела неутралитет. Обаче на 6 септември 1915 г. билсключен съюзен договор с Германия и страната ни се обвързвала с Централните сили. В края на септември 1915 г. била извършена обща мобилизация и на 14 октомври с. г. последвалообявяване война на западните ни съседи.
С влизането ни в Първата световна война Българската екзархия започнала отново да
възстановява изгубения си преди няколко години външен диоцез
След като в края на ноември 1915 г. Вардарска Македония преминала от сръбски в български ръце, там се завърнали изгонените през 1912 г. екзархийски митрополити. Някои от тях оставили костите си в епархиите си. Така например Дебърският митрополит Козма починал на 11 януари 1916 г. в Кичево и билпогребан в близкия манастир «Св. Богородица – Пречиста». Струмишкият митрополит Герасим умрял на 1 декември 1918 г. в Струмица, където билпогребан.
Българската екзархия след Първата световна война
Първата световна война завършила с погром за България и в края на септември 1918 г. Българската екзархия изгубила отново македонските си епархии. По силата на Ньойския мирен договор от 27 ноември 1919 г. от диоцеза на БПЦ отпаднала и по-голямата част от Струмишка епархия (Струмица, Радовиш, Валандово); погранични части от Софийска епархия (Цариброд, Босилеград) и Западна Тракия, в която от 1913 г. съществувалаМаронийска епархия със седалище Гюмюрджина. В Европейска Турция Екзархията успяла да запази Одринска епархия, която от 1910 г. до пролетта на 1932 г. била управлявана от архимандрит Никодим Атанасов (същият на 4 април 1920 г. бил хиротонисан за Тивериополски епископ).
На турска територия била устроена и временна Лозенградска епархия, която от 1922 до 1925 г. билауправлявана от Нишавския епископ Иларион. Послетам бил изпратен бившият Скопски митрополит Неофит, който управлявал и съседната Одринска епархия от 1932 г. до смъртта си през 1938 г. След това за всички православни българи в пределите на Европейска Турция останало да се грижи Екзархийското заместничество. След смъртта на бившия Велешки митрополит Мелетий(14 август 1924 г.) екзархийски заместници билибившият Охридски митрополит Борис (1924-1936г.), Главиницкият епископ Климент (1936-1942 г.) и Величкият епископ Андрей (1942-1945 г.).
След края на Първата световна война в България се създало течение за реформи в Църквата, което обхванало не само свещеници и богослови-миряни, но и архиереи. Преценявайки правилно, че новите исторически условия налагали да се направят реформи в Църквата, Св. Синод решил на 6 ноември 1919 г. да пристъпи към
изменение на Екзархийския устав
За това било уведомено правителството на Александър Стамболийски, което посрещналопочина със задоволство. За целта Св. Синод назначил една комисия (с председател Варненско-Преславския митрополит Симеон), която трябвало да изработи мотивиран проект за изменение на Екзархийския устав. Обаче новият министър на външните работи и изповеданията Ал. Стамболийски се обкръжил от един кръг богослови (начело с Христо Въргов и Петър Черняев, а също и архимандрит Стефан Абаджиев), които нямали вяра на архиереите и гледали с недоверие на техните инициативи. Ето защо Стамболийски внесъл в Народното събрание на 15 септември 1920 г. законопроект за изменение и допълнение на Екзархийския устав, без да се допита за това до Св. Синод. Законът бил приет, утвърден с царски указ и веднага публикуван. Съгласно чл. 3 на новия закон Св. Синод се задължил в двумесечен срок да извърши всички подготвителни работи и да свика Църковно-народен събор. Това породилонедоволство сред владиците и през декември с. г. бил свикан архиерейски събор, който изработил «проект за изменение закона за свикването на Църковно-народен събор».
Породил се остър конфликт между Св. Синод и правителството, което останало непреклонно и дори военните прокурори били натоварени да подведат архиереите под съдебна отговорност. Подготвен билпреврат в Църквата, като членовете на Св. Синод трябвало да бъдат арестувани и свалени, а на тяхно място да се постави временно църковно управление.
С цената на много усилия и компромиси нещата се успокоили и след провеждането на избори за избиране на делегати Вторият църковно-народен събор бил открит на 6 февруари 1921 г. в столичната църква «Св. Седмочисленици». На литургията присъствал и цар Борис III. Редовните заседания започвали на следващия ден в Народното събрание. С известни прекъсвания съборът продължил работата си до 16 февруари 1922 г. Интересното в случая е, че
на този събор били представени и македонските епархии,
като техни делегати били свещеници и мирски лица, бежанци от Македония.
Внесеният за разглеждане екзархийски проектоустав билпроникнат от демократичен дух - той предвиждалкато висше законодателно тяло Църковно-народния събор. Приетият устав съдържал 568 члена в четири части и де факто представлявал едно подробно и системно разработване на българското църковно право.
Висш принцип в него бил съборното начало, т. е. участието на свещеници и миряни във всички степени на църковното управление при запазване на първенствуващото значение на архиереите.
Приетият от Църковно-народния събор Екзархийски устав бил одобрен без никакви изменения или поправки и от Архиерейски събор през 1922 г. След това билвнесен в Народното събрание и одобрен на 24 януари 1923 г. Свалянето на правителството на Ал. Стамболийски попречило той да бъде окончателно одобрен и въведен в изпълнение. След това, въпреки настояванията на синодалните митрополити, новият екзархийски устав не бил повече внасян за разглеждане в Народното събрание. Само с наредба-закон билинаправени някои изменения в действуващия екзархийски устав, засягащи най-вече въпроситеза пълния и намаления състав на Св. Синод, за избора на екзарх и др.
Със започването на Втората световна война пред БПЦ още веднъж възникналавъзможност завъзвръщане на нейния изгубен диоцез.
Присъединените с военна сила земи в Македония и Беломорието трябвало и административно да бъдат заети. В неясната и сложна обстановка през пролетта на 1941 г. Българската екзархия най-бързо се ориентиралаи най-напред изградила структурата на църковната власт и пристъпила към нейното установяване. Фактически още на 29 април 1941 г. Св. Синод в пълен състав се събралв София на извънредна сесия, за да обсъди каноническите мерки за възстановяване на ведомството на Църквата в новоосвободените епархии.
Така Св. Синод бързо реагирал и веднага възстановилцърковната администрация в старите си екзархийски епархии, понеже ималопит и готовност за това. Обаче злополучният край на войната и последвалата нова национална катастрофа станалипричина за безвъзвратното изгубване на епархиите в Македония и Одринска Тракия.
А последвалото наскоро вдигане на схизмата фактически ограничило екзархийския диоцез само в държавните граници.
Избор на екзарх и вдигане на схизмата
След смъртта на екзарх Йосиф (20 юни 1915 г.) въпросътза избор на нов глава на БПЦ останалцели 30 години неразрешен. Това се дължалопреди всичко на колебливост сред управляващите български кръгове. Освен това имало и различия по въпроса - кой да бъде екзарх и кой Софийски митрополит, понеже според каноническия ред екзархът трябвало да бъде и Софийски митрополит. Други пък смятали, че само избраният от цялата Църква за екзарх трябвало да заеме и Софийската митрополитска катедра. През всичките тези 30 години, когато БПЦ била лишена от свой предстоятел (в случая екзарх), църковното управление се упражнявало от Св. Синод, начело на който заставализбиран с определн мандат наместник-председател. От 1915 до 1945 г. наместник-председатели били следните архиереи: Партений Софийски (1915-1916г.), Василий Доростоло-Червенски (1919-1920 г.), Максим Пловдивски (1920-1927 г.), Климент Врачански (1927-1930 г.), Неофит Видински (1930-1944 г.) и Стефан Софийски (1944-1945г.).
Политическата промяна на 9 септември 1944 г.
била използвана от някои митрополити за уреждане на разстроените църковни дела. Най-деен се оказалСофийският митрополит Стефан, който в изявления по радио «София» и в послание към руския народ изтъкнал, че хитлеризмът е враг на цялото славянство, но ще бъде сломен от Русия и нейните съюзници - САЩ и Англия. Новото правителство в България (на лявата коалиция Отечествен фронт), търсело популярност сред народа, с готовност да помагана Църквата. На 16 октомври 1944 г. Св. Синод приел подадената оставка на Видинския митрополит Неофит и за нов наместник-председател билизбран Софийският митрополит Стефан. Два дни по-късно Св. Синод решил да замоли българското правителство да даде съгласието си за провеждане на избор за екзарх. Такова веднага било дадено, като същевременно билинаправени и някои изменения в eкзархийския устав с цел по-широкото участие на клира и народа в избора на екзарха. Тези изменения билиутвърдени като наредба-закон и публикувани в «Държавен вестник». Веднага след това и Св. Синод излязал с Окръжно № 52 от 4 януари 1945 г., с което определил датата на екзархийския избор на 21 януари, а събранията по епархии да се проведели на 14 януари. На тях трябвалода се изберат по 7 представители (3 клирици и 4 миряни) от епархия, които трябвало да пристигнат в София за избирането на екзарха.
Екзархийският избирателен събор бил проведен на 21 януари 1945 г. в старинния исторически храм «Св. София». Присъствали 90 избиратели с редовни пълномощия, които избрали екзарх измежду трима кандидати: Софийски Стефан, Видински Неофит и Доростоло-Червенски Михаил. Най-много гласове (84) получил Софийският митрополит Стефан и с това бил избран за трети пореден български екзарх.
Друг изключително важен за разрешаване църковен въпрос било вдигането на схизмата, която цели 73 години тегнела над БПЦ. Това станало с помощта на Руската православна църква, която обещала пълно съдействие пред Вселенската цариградска патриаршия. За целта Екзархийското заместничество било преместено от Цариград в София и по решение на Св. Синод билиизпратени митрополитите Борис Неврокопски и Софроний Търновски, които заедно с Величкия епископ Андрей “са упълномощени във всичко..., за да водят необходимите преговори и да подпишат надлежните документи”.
Делегатите на Българската екзархия се срещнали в Цариград с Вселенския патриарх и преговаряли с комисия на патриаршията (съставена от митрополитите Халкидонски Максимос, Сардийски Германос и Лаодикийски Доротеос) по условията на вдигането на схизмата.
На 19 февруари 1945 г. бил подписан “Протокол за вдигането на съществуващата от години аномалия в тялото на Св. Православна църква...”, а на 22 февруари с. г. бил издаден специален “томос” от страна на Вселенскияпатриарх, в който се казвало: “Ние благославяме автокефалното устройство и управление на Св. Църква в България, като определяме тя, наричана “Св. Православна Автокефална Българска Църква” и бидейки отсега нататък призната наша духовна сестра, да управлява и урежда своите работи независимо и автокефално според реда и суверенните права”.
Така през февруари 1945 г. диоцезът на БПЦ билсвит само в държавните граници, но тя пък получила признание на пълната си независимост (автокефалия) и заела място сред семейството на поместните православни автокефални църкви, съставящи заедно Православната църква в световен мащаб.
От екзархия към патриаршия
След Деветосептемврийския преврат от 1944 г. комунистите започнали преследване на християнската религия и нейните институции по различни поводи, но с една цел: изтласкване на религията от обществения живот и по възможност нейното унищожаване. Избирането на екзарх, вдигането на схизмата и обявяването на пълна автокефалия на БПЦ на пръв поглед били положителни явления, но последвалото развитие на международната политическа обстановка създало предпоставки за използването им срещу самата Църква. Ограничаването на църковния диоцез само в държавните граници дало възможност за неограничена намеса на новата власт в делата на Църквата, особено след подписването на мирния договор в Париж (10 февруари 1947 г.). Уреждането на международното положение на България и признаването на нейното правителство развързало ръцете на управляващата Комунистическа партия за разправа с легалната опозиция през лятото и есента на 1947 г. Скоро дошълред и на църковните институции. С приемането на новата Конституция (4 декември 1947 г.) Църквата де факто била отделена от държавата, но тук ставало дума за отделяне, провеждано чрез насилие и отгоре.
Това отделяне по своята същност не билоединичен акт, а доста дълъг процес, започнал непосредствено след 9септември 1944 г. и приключил с приемането на Закона за изповеданията (24 февруари 1949 г.).Този закон бил насочен срещу всички религиозни институции в България, но засягал най-силно БПЦ.
Подчиняването на Църквата от страна на държавата билдруг процес, който също протекал на няколко етапа. Основният удар билнасочен срещу имотите на БПЦ и преследвалограничаване на финансовата ѝ независимост. Налагането на държавния контрол върху БПЦ било свързано и с редица други мерки, като оказване на натиск за намаляване броя на свещенослужителите, за смяна или уволняване на неудобни за властта духовници, за ограничаване религиозната активност на по-ревностни свещеници и други.
От съществуващите две духовни семинарии (Софийска и Пловдивска), едно духовно училище и един Пастирско-богословски институт, през 1951 г. останала само Софийската духовна семинария, а Богословският факултет бил изваден от Софийския университет и превърнат в Духовна академия, издържана от Св. Синод. Всичко това целяло лишаването на БПЦ от добре подготвен клир за в бъдеще.
Преломен момент в подчиняването на БПЦ билоотстраняването на екзарх Стефан. На 8септември 1948 г. на заседание на Св. Синод билразигран фарс по неговата оставка, а два дни по-късно Политбюро на ЦК на Българската работническа партия (комунисти) одобрилорешението за отстраняването на екзарх Стефан. Последният на 24 ноември 1948 г. насилствено бил интерниран в с. Баня, Карловско, лишен от правото на свободно придвижване, а също и от правото да извършва богослужение.
В Политбюро на управляващата партия билаобсъдена необходимостта от изработването на един “нов, малък, демократичен устав” на БПЦ. След дълги спорове на 3януари 1951 г. Св. Синод бил принуден да приеме наложения му от правителството устав и да избере Пловдивския митрополит Кирил за нов наместник-председател на Св. Синод. Неслучайно в протокола от заседанието на Св. Синод на тази дата биловписано: “Да се счита, че Българската православна църква има вече одобрен устав и да почне да се прилага”.
Следващата стъпка и на правителството, и на Св. Синод била свързана с
възстановяването на патриаршеското достойнство на БПЦ.
На 8 май 1953 г. в София тържествено билоткрит Третиятцърковно-народен събор, на който присъствали107 избиратели с редовни пълномощия (от определените 111). Първият ден на събора преминал в тържествени речи, проверка на членовете и определяне на работните комисии. На следващия ден (9 май) съборът приел с някои малки промени устава на БПЦ. На 10 май съборът продължил дейността си като патриаршески избирателенсъбор. Съгласно чл. 20 от устава Св. Синод още на 27 април 1953 г. определил с вишегласие трима митрополити като достойни за патриаршеския престол, които правителството одобрило. Това били Кирил Пловдивски, Неофит Видински и Климент Старозагорски. В деня на избора от 107 гласували избиратели 104 далисвоя глас за Пловдивския митрополит Кирил, за Видинския митрополит Неофит - 1 глас, а две бюлетини били обявени за недействителни.
Така на 10 май 1953 г. БПЦ официално била провъзгласена за патриаршия, като по този начин бил сложен край на романтичния екзархийски период, продължил цели 83 години. Избраният за патриарх - Пловдивският митрополит Кирил - се явил макар и непряк приемник на Търновския патриарх св. Евтимий, последния български патриарх до падането на България под турско робство.