След Освобождението на България от турско робство /1878 г./ отношенията между двете институции: Църква и армия се поставят на конституционни и законови основи. Православното изповедание става доминиращо в Княжество България. Българската православна църква (БПЦ) е предопределена да изпълнява функциите на организационен център за възстановяване и укрепване на новата българска държава. Военното ведомство от своя страна провежда последователна политика за задоволяване на религиозните нужди на редовия и командния състав в армията. В резултат на това се издават много заповеди, окръжни писма и циркуляри, които регламентират дейността на военното духовенство, а именно: провеждане на празниците на войсковите части, религиозни ритуали, извършването на молебени, войнишки клетви, тържествени литургии и други.
Със заповед от 1880 г. във Военното ведомство се предписва всички войници с православно вероизповедание да редовно да се изповядват и причастяват. В първия военен закон от 15 декември 1891 г. – "Закон за устройството на въоръжените сили на Българското Княжество", се определя статутът на военното духовенство. Същият се регламентира и с приетия в края на 1903 г. "Закон за устройство на въоръжените сили на Българското Княжество". Глава Пета от него е озаглавена "За военното духовенство". Според нея извършването на духовните треби във войската в мирно време се възлага на гарнизонните свещеници. За тази цел във всеки гарнизон, където квартируват повече части, се назначава гарнизонен свещеник с установена заплата. Във военно време при всеки пехотен и кавалерийски полк се назначава полкови свещеник, който се счита за военен чиновник и получава определена заплата. За извършване на обществени и частни богослужения във военно време всеки пехотен полк е необходимо да има своя походна църква и църковни принадлежности, която се завежда от полковия свещеник. За да стане възможно изпълнението на всичко това, със заповед от 26 април 1912 г. военният министър заповядва да се полагат най-големи грижи и се обърне най-сериозно внимание за засилване на нравственото възпитание на войника. То да се повери изцяло не само на гарнизонните свещеници, а и на духовниците, назначени да извършват установените чинопоследования в места, където не е предвиден постоянен гарнизонен свещеник. Необходимо е да се определи по един човек в седмицата за провеждане на беседи върху религиозно-нравствени принципи. Беседи се изнасят при постъпване в армията, за изпълнение на воинските задължения, по случай заклеването на младите български войници, в деня на Възкресение Христово, при освещаване на казарми и много други. Програмата за беседите се изработва от свещеника и се съгласува с командира, като нейна крайна цел е вкореняването във войнишките сърца на високи християнски добродетели и дълбоки патриотични чувства.
Наред с военния закон, в който е отделена специална глава за военното духовенство, Светият Синод също изработва и одобрява свои документи за дейността на гарнизонните свещеници. Гарнизонните свещеници се назначават от епархийския архиерей и във всичко, що се касае до изпълнение на свещеническите им обязаности, се подчиняват на епархийските архиереи и на техните наместници. На длъжността гарнизонен свещеник следва да се назначат само лица, които при безукорно поведение са свършили с успех духовното училище и могат с достойнство да изпълняват тази длъжност. Дава им се право да извършват безпрепятствено църковните си треби. При отслужване на Божествена литургия или друго чинодействие в църква гарнизонните свещеници са длъжни да уведомят предварително местните духовни власти и се сдобият с тяхното благословение.
По това време положението на гарнизонните свещеници във време на война все още не е напълно и законово уредено. В служебно писмо от 6 октомври 1915 г. Светият Синод на БПЦ представя до военния министър свои "Временни наредби за длъжностите и праватата на военните свещеници във време на война". За тази цел при Щаба на Действащата армия (ЩДА) се назначава главен военен свещеник, който завежда духовната част на армията и урежда службата на военните свещеници при разните войскови части и болниците. Във временните наредби се посочват и правата и задълженията на военните свещеници: да отслужват в празнични и неделни дни божествена служба, да извършват всички църковни чинопоследования в частите, да държат при всички богослужения и молебени църковни поучения и беседи, да погребват убитите и умрелите според църковния устав и т.н.
Гарнизонните свещеници стават истински духовни възпитатели на войниците, техни наставници и учители. В "Устава за вътрешната служба на войската", обявен със заповед от 9 април 1911 г. на Военното ведомство, се определят за войниците вечерна проверка и молитва, като се изпява "Отче Наш" и "Спаси Господи". Освен ежедневните утринна и вечерна молитва всеки войник трябва в неприсъствени дни да посещава божествените на религията си храмове (църквата, джамията, синагогата), а по време на Великия пост да се изповядва и причастява.
Ролята на военните свещеници е важна и без тях е немислимо провеждането на военни паради, отслужването на панихиди и молебени, полагането на клетва за вярност към отечеството на младите войници. Всички тези техни дейности се регламентират с "Устава за гарнизонната служба"от 1908.
Военното духовенство отбелязва с религиозни ритуали и празниците Благовещение, Сретение Господне, Гергьовден (приет за празник на войската) и др. С голяма почит и признателност е отбелязван и празникът на славянобългарските просветители светите братя Кирил и Методий. Всяка неделя в църквите, намиращи се в гарнизона, се провежда неделно богослужение.
Полагането на клетва от войниците е особено тържествен акт, чрез който те вземат Бога за свидетел на святата честна и вярна служба на Царя и Отечеството. Събитието се провежда в присъствието на командния състав и военното духовенство.
Едно от задълженията на свещениците във военно време е да погребват убитите и умрелите според църковния устав. Храбрият български войник, жертвал живота си за милото отечество, заслужава тази последна воинска чест.
Превратът на 9-ти септември 1944 г. довежда до коренна промяна на обществено-политическата, икономическата и духовната обстановка в страната. Въз основа на новата Конституция и Закона за изповеданията от 1 март 1949 г. рязко се променя мястото и се обезсилва ролята на православните ценности в България. Конституциите от 1947 и 1971 г. официално осигуряват свободата на съвестта и вероизповеданията, но в действителност се стига до лишаване на Българската Православна Църква от нейните религиозно-възпитателни функции сред подрастващото поколение и младежта, включително – и сред военнослужещите.
В периода след 1944 г. до наши дни, военните закони, устави и правилници не третират проблема за необходимостта от удовлетворяване на духовните потребности на българското войнство. Постепенно се оформя негативно отношение към религията и Българската Православна Църква с всички произтичащи от това последствията, имащи своето отражение и днес.
В зората на демократичните промени в България, бяха възстановени редица традиции. Ежегодно на Богоявление се извършва традиционното поръсване на българските бойни знамена и на войската с осветена богоявленска вода. За празник на Българската Армия бе определен отново деня, в който се чества паметта на св. Георги Победоносец – закрилник на войнството ни. Традиция е по време на Архангелова задушница, на военните гробища в София да се извършва панихида за загиналите във войните български воини. Множество са мероприятията и начинанията, провеждани във военните поделения, в щабовете и учрежденията на Българската Армия, които започват със водосвет. Възстановени и обновени са параклисите във военните училища в страната. За съжаление засега дейността на Българската Православна Църква в армията е ограничена от действащите законови разпоредби и се свежда единствено до външна обредност. В настоящия момент липсва политическа воля от страна на управляващите за възстановяване статута на православното военно духовенство в Българската Армия.