Историята на Гетсиманския Черниговски скит при Троицко-Сергиевата Лавра започва от средата на XIX в. Гетсиманският скит бил основан от митрополит Московски и Коломенски Филарет (Дроздов; † 1867) по ходатайството на игумена на Лаврата архим. Антоний (Медведев; † 1877) на 3 км източно от Лаврата, в живописната местност Корбуха през 1844 г. През 1847 г. край тази обител се поселил юродивият заради Христа Филип (Хоревым; † 1868), който основал при скита пещерно отделение, подобно на пещерите в Киево-Печерската Лавра. Пещерното отделение станало място за подвиг на монасите, желаещи особено безмълвие и молитвеного уединение.
В пещерния храм „Св. Архангел Михаил”от 1852 по 1922 година се намирала чудотворната Черниговска икона на Божията Майка. В нейна чест над пещерата бил построен събор, осветен през 1893 г.
В пещерното отделение започнал през 1870 г. своето служение преп. старец Варнава. Старецът приемал ежедневно от 500 до 1000 човека, на всеки давал душеспасителен съвет и утешение. Сред неговите духовни чада били преп. Серафим Вирицки, философът Константин Леонтиев и др. През 1905 г. при него се изповядал император Николай II, когото старецът благословил за приемане на мъченическа кончина. Прославеният с прозорливост и чудотворства, «старец-утешител» през 1995 г. бил канонизиран от Руската Православна Църква като преподобни Варнава Гетсимански и причислен към събора на Радонежските светии.
На гробището на Черниговския скит са погребани философите Константин Леонтиев /в монашество Климент (†1891), Василий. Розанов (†1919) и други известни деятели на руската култура.
През 1919 г. Гетсиманският скит приел братята, изгонени от закритата Троицко-Сергиева Лавра. Преобразуван в същата година в трудово селскостопанска кооперация, скитът напълно съхранил богослужебния живот по манастирския устав. След закриването на Лаврата той станал основен духовен център и най-крупната монашеска обител в околностите на гр. Сергиев Посад.
Съществуването на Гетсиманския скит продължило до края на 1928 г. Към това времени всички негови здания постепенно били отдадени за настаняване на детска колония и на престарели работници от просветата.През петдесетте години на миналия век сградите на Гетсиманския скит преминали в ползване на военното ведомство и по негово разпореждане – взривени, на мястото на скитското гробище бил построен многоетажен учебно-адмимистративен корпус, съществуващ и до днес. През 1990 г. Черниговския скит бил предаден на Троицко-Сергиевата Лавр,а от юли същата година е възобновено монашеството и служението в скита.
Гетсиманско-Черниговският скит е отворен за поклонници. Ежеднено се отслужват молебени пред светите мощи на преподобни Варнава Гетсимански, молитвено последование с акатист пред Черниговската икона на Божията Майка и тайнството Елеосвещение.