Архимандрит Алипий беше от тези калугери, които наричаха „паркетни монаси”, т. е . монаси, които са били в манастир само в деня на пострижението си – на обричането им на Бога, а след това веднага са се озовали в коридорите на църковната администрация. Обикновено духовните наставници на тези монаси бяха митрополити или епископи и проправяха, и на своите чеда, пътя към епископския жезъл. Този път минаваше през езиково-богословски и икуменически специализации в чужбина – най-често в Русия, но и в западни страни. Отец Алипий беше по една година на специализация в Италия, Германия, а сега караше последната си специализация в Берн, Швейцария. Надяваше се след завръщането си в България да бъде въздигнат в църковната йерархия. Но Бог явно имаше други планове за него. Земният му закрилник и покровител митрополит Паладий се беше преселил в небесните чертози, а мястото му като началник на съответния синодален отдел бе заел друг митрополит, който недолюбваше Алипий.
И така, вместо да се възкачи на по-високо стъпало в църковно-административната лествица, отец Алипий се озова в един затънтен полупорутен манастир край едно планинско село, наречено Берково. Освен Алипий, който беше назначен за игумен, обитатели на манастира бяха един възрастен полуглух монах, който опитваше да се подвизава на певницата и една злобна старица-вдовица от съседното село, която им готвеше, чистеше и переше дрехите и спалното им бельо на ръка. На ръка, не защото нямаше пералня, а защото в обителта нямаше прокарано електричество. Жителите на селата около манастира, в радиус от 40 км, бяха почти до един неверници, в някои от селата нямаше и храмове, и когато прокарваха тока в Берково, тогавашният кмет реши, че „на поповете не им се полага ток”, тъй като си имали свещи.
Старицата беше завъдила в манастирския двор няколко кокошки, които отглеждаше с остатъците от храната. Веднъж се случи и тя, и възрастният монах да отсъстват за няколко дни и се наложи игуменът да се грижи за кокошките. „Добър е Господ – въздъхна в себе си отец Алипий – от Берн ме изпрати в Берково, да храня пилците”. Отначало се самоокайваше и самосъжаляваше, че бе запокитен като непотребна вещ в тази глуха планинска долина. Но постепенно се съвзе. Влезеше ли някой човек в манастира било то турист от близкия планински курорт или селянин, той го заговаряше, канеше го на кафе на манастирския чардак, разпитваше го за живота му и постепенно човекът се отпускаше и споделяше болките и тревогите си. Отец Алипий се опитваше да даде съвет, да утеши, да насърчи и често хората си тръгваха ободрени, усмихнати и обещаваха пак да дойдат или да доведат с тях други хора. Други питаха могат ли с нещо да помогнат и така постепенно с годините покривът на манастира бе припокрит, сградите обновени, бе прокарано и електричество. Даже грубите и неуки духовно планинци започнаха да се отбиват в манастира, отначало просто ей, така, от любопитство – да видят какво е направено. Едни цъкаха с език, други се питаха: „А откъде пари за всичко това?” и съчиняваха небивалици, че, видите ли, отец Алипий открил имането, за което се разправяше още от дедите им, че било заровено край манастира от неговия основател и пръв игумен, а преди това хайдутин, и се тюхкаха как не са успели те преди него да го намерят. Отец Алипий посрещаше и тях с отворени обятия, опитваше се да говори на техния неук език, да ги предразположи, да ги разбере, бързаше да ги оправдае, вместо да ги укори. Те изпърво го гледаха из под вежди, подозрително, но постепенно се отпускаха и заговаряха за своите проблеми, коравите им души омекваха като кал и беше нужен, както пишеше в Свещеното Писание, само „лъх от тих вятър, в който е Господ”, да ги облагороди и възвиси.
Изминаха близо двадесет години, откакто архимандрит Алипий бе изпратен в този манастир. Той свикна със своите планинци, а и те го приеха за свой. Почнаха да се венчават в манастира, да кръщават децата си, да посещават на празници богослужбите. Имаха си местен обичай, който наричаха „звене на попо”. Когато решаваха било да се извърши освещаване на дома им, венчание, да речем, на щерката, или примерно кръщение на внучето, стопанката на дома омесваше погача, вземаха бутилка вино и бутилка олио, обличаха новите си дрехи и отиваха в манастира да „зват (да поканят) попо” да извърши съответния обред.
Епархията, в чиито предели се намираше манастирът, овдовя и скоро бе избран нов митрополит. Той бе съученик на отец Алипий от семинарията. Не бяха особено близки по време на обучението им, но митрополитът с благодарност си спомняше за своя съученик, който му помагаше особено в изучаването на езиците в семинарията и, най-вече на мъртвите – старогръцки и латински. Скоро след избора му, митрополитът започна да обхожда храмовете и манастирите из епархията и манастирът, в който служеше Алипий бе един от първите, които посети. Той идваше и с конкретна цел. Епархията беше обширна, обхващаше четири административни области и митрополитът се нуждаеше от помощник. Надяваше се да склони отец Алипий да приеме длъжността протосингел на митрополията, а след година-две възнамеряваше да го предложи и за свой викарен епископ.
Междувременно около архимандрит Алипий се бяха събрали млади монаси, които го бяха приели за свой духовен наставник и се стараеха да подражават на вярата му. Затова игуменът отказа на митрополита. Той бдеше като орел над своите духовни чеда и се опасяваше, че след неговото отиване в митрополията пилците ще се разпръснат. „Помисли си” – посъветва го митрополитът и продължи често да го навестява и увещава. Накрая отец Алипий се съгласи, но постави условие: да остане да живее в манастира, за да не губи връзката със своите чеда, а да идва на служба в митрополията само през деня.
Когато с владиката посещаваха селата около манастира, суровите планинци напираха първо да целунат ръка не на владиката, а на Алипий, защото той беше „техният” отец.